L'Office fédéral de l'environnement, des forêts et du paysage (OFEFP) et l'Institut fédéral pour l'aménagement, l'épuration et la protection des eaux (EAWAG) ont élaboré une méthode d'analyse pour l'appréciation écomorphologique des cours d'eau en Suisse.
Cette méthodologie a été publiée dans les cahiers de 'L'environnement pratique - Informations concernant la protection des eaux', no 27 en 1998.

L'écomorphologie est une méthode d'appréciation de l'état naturel des cours d'eau par troncons homogènes. Le relevé est fait sur la base de 5 critères: la largeur du lit, la variabilité de la largeur du lit mouillé, l'aménagement du fond du lit, le renforcement du pied de la berge et la largeur et nature des rives.

L'appréciation classe le troncon selon 4 catégories représentées par un code couleur:
- bleu = naturel, semi-naturel
- vert = peu atteint
- jaune = très atteint
- rouge = non naturel, artificiel